O objetivo do trabalho foi comparar a dinâmica, a ocorrência, a morfometria de oocistos e os períodos patentes de Cryptosporidium sp. em aves domésticas, patos (Anas platyrhynchos), pintos (Gallus gallus) e codornas (Coturnix japonica), naturalmente infectadas, provenientes de dois mercados municipais do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro (RJ). Houve diferenças quanto à ocorrência da infecção entre os dois locais e entre pintos e patos, mas não entre codornas. Para a morfometria, foram observadas diferenças estatísticas nas medidas dos diâmetros maior e menor e para o índice morfométrico calculado (P<0,01). Já entre pintos e codornas não houve diferenças (P>0,05). Na comparação do período de eliminação, patos tiveram um maior período com maiores quantidades de oocistos eliminados. Codornas e pintos apresentaram dinâmica de eliminação semelhante e não houve diferença quanto à concentração de oocistos. Pintos foram mais susceptíveis à infecção seguidos por patos e codornas. Pode-se concluir que a infecção natural por Cryptoporidium sp. foi frequente nas aves estudadas. Patos, pintos e codornas podem ser disseminadores do protozoário em mercados municipais do Rio de Janeiro, RJ. Assim, podem constituir risco de infecção.

The objective of the current study was comparing the dynamic and occurrence of Cryptosporidium sp., as well as the morphometry and elimination period of oocysts in naturally infected ducks (Anas platyrhynchos), chickens (Gallus gallus) and Japanese quails (Coturnix japonica) from two local markets of Rio de Janeiro, RJ. There were significant differences considering the occurrence of infection between the two markets, and also between chickens and ducks, but not among Japanese quails. Also, significant statistical differences were observed in morphometry, considering the major and minor diameters of oocysts and the calculated morphometric index (P<0.01); however, there was no difference between chickens and Japanese quails (P>0.05). According to the elimination period, ducks eliminated oocysts for a longer period and in a higher number. Japanese quails and chickens had a similar dynamic of oocysts elimination, no difference in its concentration was observed. Chickens were the most susceptible bird species to Cryptosporidium sp. infection, followed by ducks and Japanese quails. In conclusion, Cryptosporidium sp. natural infection was commonly found in the studied fowls. Ducks, chickens and Japanese quails may disseminate this protozoan in local markets of Rio de Janeiro, representing risk of infection.